Ai due lati dell'altar maggiore, sopra delle apposite cantorie, si trovano i due organi a canne tra i più antichi in Italia.
Il più antico è quello situato sulla cantoria sul lato destro del presbiterio, venne costruito tra il 1471 e il 1475 da Lorenzo di Giacomo da Prato. Questo organo è il primo a registri indipendenti. L'organo sul lato sinistro del presbiterio, venne costruito nel 1596, da Baldassarre Malamini.
Nel corso dei secoli, entrambi gli strumenti hanno subito alcune modifiche. Rimandiamo a Wikipedia la storia completa dei due organi  >>